Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
Moleküler Sistematik
Ders Kodu: ZBY509
Ders Türü: Bölüm Seçmeli
Ders Grubu: Yüksek Lisans
Eğitim Dili: Türkçe
Staj Durumu: Yok
Teori: 2
Uyg.: 2
Kredi: 3
Laboratuvar: 0
AKTS: 8
Amaç

Bu dersin amacı, Bitkiler, hayvanlar, mantarlar ve bakteriler arasındaki akrabalık ilişkilerinin belirlenmesini sağlamaktır. Canlılara ait çekirdek, kloroplast, mitokondri, 16S, ISSR, RAPD, AFLP vb, gen bölgeleri ve markır teknolojileri kullanarak PAUP, MEGA 6.0, CLUSTAL W, PHYLIP vb bilgisayar programlar kullanılarak filogenetik ağaçlar ve genetik uzaklıklar ile türler arasındaki ilişkiyi belirlemek planlanmıştır.

Özet İçerik

Canlıların sınıflandırılması, morfolojik markırlar, protein markırlar, çekirdek, kloroplast, mitokondri, 16S, bölgelerinin tanıtılması, DNA dizileme ve dizi analiz teknikleri, PAUP, MEGA 6.0, CLUSTAL, Phylogeny fr., MULTALİN, vb. gibi flogenetik ağaç programlarının tanıtılması, ISSR, RAPD, AFLP, SSR VNTR vb. gibi markırların filogenetikte kullanımı.

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. Emre SEVİNDİK
Öğrenme Çıktıları
1.Morfolojik ve protein markırlarının öğrenilmesi
2.Filogenetikte kullanılan kodlama yapan ve kodlanmayan gen bölgelerinin öğrenilmesi
3.Filogenetikte kullanılan çeşitli biyoinformatik bilgisayar programının öğrenilmesi
4.Moleküler markır tekniklerinin filogenetik çalışmalarda kullanılmasının öğrenilmesi
5.PAUP analizi ve yorumlanması öğrenilir
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Evrimsel Analiz, Palme Yayıncılık
2.Nei M, Kumar S (2000) Moleküler evrim ve filogenetik. Oxford Üniversitesi
3.Lemey, P., Salemi, M., Vandamme, A.M. (2009). Filogenetik El Kitabı. Cambridge Üniversitesi, ISBN: 9780521877107
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
1. Hafta - Teorik
Sınıflandırmanın temeli ve önemi
1. Hafta - Uygulama
Moleküler sistematikte kullanılan laboratuvar araçları
2. Hafta - Teorik
Sistematik kavramının öğrenilmesi
2. Hafta - Uygulama
Moleküler sistematikte kullanılan laboratuvar araçları
3. Hafta - Teorik
Moleküler sistematik tekniklerinin çalışma alanında uygulanması
3. Hafta - Uygulama
Morfolojik markırların skorlanması ve Kladistik analiz
4. Hafta - Teorik
Morfolojik ve protein markırların öğrenilmesi
4. Hafta - Uygulama
Protein markırlar ve SDS page uygulaması
5. Hafta - Teorik
SSR, VNTR, ISSR, RAPD, AFLP vb, markırların öğrenilmesi
5. Hafta - Uygulama
Restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (RFLP ) ve rastgele artırılmış polimorfik DNA uygulması
6. Hafta - Teorik
Canlılara ait çekirdek, kloroplast ve mitokondri gen bölgelerinin öğrenilmesi
6. Hafta - Uygulama
ISSR ve AFLP uygulaması
7. Hafta - Teorik
Filogenetik sınıflandırma, fenetik sınıflandırma teknkiklerini kullanma.
7. Hafta - Uygulama
SSR ve VNTR uygulaması
8. Hafta - Teorik & Uygulama
SSR ve VNTR uygulaması (Ara Sınav)
9. Hafta - Teorik
Filogenetik sınıflandırmada kullanılan online programlar
9. Hafta - Uygulama
nrDNA ITS sekansı ve analizi
10. Hafta - Teorik
PAUP, MEGA 6.0, PHYLIP, FINCH TV, vb. filogenetik programların kulanımı
10. Hafta - Uygulama
cpDNA trnL-F, ndhF, matK, rbcL, psbA-trnH analizi
11. Hafta - Teorik
Bilgisayar programı kullanılarak filogenetik ağaç oluşturma
11. Hafta - Uygulama
mtDNA sekansı
12. Hafta - Teorik
Filogenetik ağaç yorumlanması
12. Hafta - Uygulama
DNA dizi analizi
13. Hafta - Teorik
Moleküler Saat Hipotezi, Bağıl Hız Testi, Filogenetik Testler, Doğrusal Ağaçlar
13. Hafta - Uygulama
Biyoinformatik programlar
14. Hafta - Teorik
Sistematik kavramları ile moleküler teknikler arasında ilişki kurar.
14. Hafta - Uygulama
Filogenetik ağaç oluşturma ve analizi
Değerlendirme
Değerlendirme TürüAdetYüzde
Ara Sınav (Vize)1%30
Dönem Sonu Sınavı (Final)1%70
İş Yükü Hesaplaması
EtkinlikSayısıÖn HazırlıkSüreToplam Iş Yükü (Saat)
Kuramsal Ders1462112
Uygulamalı Ders143270
Ara Sınav1819
Dönem Sonu Sınavı1819
TOPLAM İŞ YÜKÜ (Saat)200
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
PÇ-1
PÇ-2
PÇ-3
PÇ-4
PÇ-5
OÇ-1
5
5
5
5
3
OÇ-2
5
5
5
4
3
OÇ-3
5
5
5
4
3
OÇ-4
5
5
5
5
3
OÇ-5
5
4
4
4
3
Adnan Menderes Üniversitesi - Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
2026