Gıda Kimyası II dersinin amacı gıdaların yapısında yer alan proteinlerin, fenolik maddelerin, lezzet bileşiklerinin, renk maddelerinin yapısını anlamak; gıdalarda doğal olarak bulunan toksik maddelerle, proses sırasında oluşan kontaminantlarla ilgili bilgi sahibi olmak ve gıda katkı maddeleri ve kullanım amaçları ile ilgili öğrencilere bilgi vermektir.

Proteinler (aminoasit yapıları, sınıflandırılması, kimyasal reaksiyonları, proteinlerin primer, sekonder, tersiyer ve kuaterner yapıları, denatürasyon, gıdalarda bulunan proteinler), enzimler (genel özellikleri, enzim aktivitesini etkileyen faktörler, gıdalarda bulunan enzimler ve fonksiyonları), renk maddeleri (klorofil, karotenoidler, antosiyaninler, betalainler, hem pigmenler), fenolik bileşikler (fenolik asitler, antosiyanidiler, flavonoidler, flavanoller, izoflavonlar ve diğer fenolik maddeler), gıdalarda doğal olarak bulunan toksik maddeler ve gıda işleme prosesleri sırasında oluşan kontaminantlar, gıda katkı maddeleri (renklendiriciler, tatlandırıcılar, koruyucular, antioksidanlar, yapı düzenleyiciler ve diğerleri)