Matematik ve Fen Bilimleri Eğitimi Anabilim dalı altında Fen Bilgisi Eğitimi Programı 2009 yılında Fen Bilimleri Enstitüsüne bağlı olarak öğretime başlamıştır. Matematik Eğitimi Programı ise 2017 yılında Fen Bilimleri Enstitüsüne bağlı olarak öğretime başlamıştır. Hedefi fen bilgisi ve matematik öğretmenlerinin mesleki gelişimine yardımcı olmak ve bilimsel araştırma yapabilme becerilerini geliştirmektir.

Fen Bilimleri Enstitüsü 3837 Sayılı Kanunla Adnan Menderes Üniversitesinin kurulması ile birlikte kurulması öngörülmüştür. Ancak 1994-1995 eğitim-öğretim yılında faaliyete başlamıştır. Fen Bilgisi Eğitimi Programı 2009 yılında Fen Bilimleri Enstitüsüne bağlı olarak öğretime başlamıştır. Matematik Eğitimi Programı ise 2017 yılında Fen Bilimleri Enstitüsüne bağlı olarak öğretime başlamıştır.

Matematik ve Fen Eğitimi Anabilim Dalı, lisansüstü eğitimde çağdaş yaklaşımları temele alarak yürüttüğü yüksek lisans ve doktora programıyla; çağdaş ölçme-değerlendirme yaklaşımlardan haberdar, teknolojik gelişmeler doğrultusunda öğretim faaliyetlerini düzenleyebilen, farklı öğretim yöntem ve stratejilerini öğretim süreçlerinde kullanabilen, alanında yapılan çalışmaları takip edebilen nitelikli bireyler yetiştirmeyi amaçlamaktadır.

Ulusal ve uluslararası düzeyde matematik ve fen eğitimi Anabilim Dalının itibarını en üst düzeye çıkarmak, Alanında ulusal ve uluslararası düzeyde kabul gören ve tercih edilen bir konumda olmak, Avrupa Birliği uyum süreci içerisinde ülkemizin ihtiyacı olan İlköğretim eğitimini yaygınlaştırma ve geliştirme projelerine etkin olarak katılmak ve bilimsel araştırmalara bilgi ve donanımıyla destek vermek.

Matematik ve Fen Eğitimi Anabilim Dalının amacı matematik ve fen bilimleri öğretmenlerinin ve matematik ve fen eğitimi alanındaki araştırmacıların bilimsel bilgi, beceri ve anlayışlarının geliştirilmesidir.

Eğitim Fakültesine ait 11 derslik, 1 doktora dersliği, 1 fen bilgisi laboratuvarı, 1 fizik laboratuvarı, 1 fen bilgisi dersliği kullanılmaktadır.

Fen ve fizik laboratuvarlarındaki deney malzemeleri ve düzenekler, öğrenciler için bir adet bilgisayar laboratuvarı ve kütüphane hizmetleri öğrencilerin erişimine açıktır.