Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
DNA Barkod Teknikleri
Ders Kodu: ZBY639
Ders Türü: Seçmeli
Ders Grubu: Doktora
Eğitim Dili: Türkçe
Staj Durumu: Yok
Teori: 2
Uyg.: 0
Kredi: 3
Laboratuvar: 2
AKTS: 8
Amaç

Bu dersin amacı, ökaryatlarda ve prokaryotlarda barkod olarak kullanılan genlerin öğrenilmesi, analiz edilmesi ve moleküler tanıda kullanılmasıdır.

Özet İçerik

Ökaryotlarda çekirdek, kloroplast ve mitokondri, prokaryotlarda moleküler tanı genlerinin kullanılması, DNA barkod analizinde kullanılan biyoinformatik araçlar ve analiz edilen genlerin NCBI’ya yüklenmesidir.

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Öğrenme Çıktıları
1.DNA barkod kavramının öğrenilmesi
2.DNA barkod analizinin kullanımının öğrenilmesi
3.Moleküler tanı yöntemlerinin öneminin öğrenilmesi
4.Prokaryotlarda DNA barkod bölgelerinin öğrenilmesi
5.Ökaryatlarda DNA barkod bölgelerinin ve DNA barkod analizinde biyoinformatik programların kullanımının öğrenilmesi
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Molecular Biology, Nobel Academic Publishing Consulting Trade. Professor Dr. Mehmet Karataş, 2012, Nei M, Kumar S (2000) Molecular evolution and phylogenetics. Oxford University press
2.Fundamentals of Molecular Genetics, Assoc. Prof. Dr. H. Ümit LÜLEYAP, Nobel Kitapevi, 2008, Bitki Biyoteknolojisi (Genetik Mühendisliği ve Uygulamaları) Sebahattin Özcan, Ekrem Gürel, Mehmet Babaoğlu. Selçuk Üniversitesi Vakfı Yayınları
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
1. Hafta - Teorik
DNA molekülünün yapısı ve replikasyonu
1. Hafta - Laboratuvar
DNA izolasyon protokollerinin uygulanması
2. Hafta - Teorik
DNA barkod kavramının tartışılması
2. Hafta - Laboratuvar
PCR ve Elektroforez
3. Hafta - Teorik
Prokaryotlarda moleküler tanı analizi
3. Hafta - Laboratuvar
Prokaryotlarda barkod bölgelerinin amplifikasyonu
4. Hafta - Teorik
Çekirdek barkod genlerinin kullanımı
4. Hafta - Laboratuvar
Çekirdek barkod bölgelerinin amplifikasyonu
5. Hafta - Teorik
Kloroplast barkod genlerinin kullanımı I
5. Hafta - Laboratuvar
Kloroplast barkod bölgelerinin amplifikasyonu
6. Hafta - Teorik
Kloroplast barkod genlerinin kullanımı I
6. Hafta - Laboratuvar
Kloroplast barkod bölgelerinin amplifikasyonu
7. Hafta - Teorik
Mitokondri barkod genlerinin kullanımı
7. Hafta - Laboratuvar
Mitokondri barkod bölgelerinin amplifikasyonu
8. Hafta - Teorik
Mitokondri barkod genlerinin kullanımı (Ara Sınav)
8. Hafta - Laboratuvar
Mitokondri barkod genlerinin kullanımı (Ara Sınav)
9. Hafta - Teorik
Mantarlarda barkod genlerinin kullanımı
9. Hafta - Laboratuvar
Mantar barkod bölgelerinin amplifikasyonu
10. Hafta - Teorik
DNA barkod genlerinin işlenmesi
10. Hafta - Laboratuvar
NCBI, Blast, Sequencher, BioEdit, FinchTV, Chromas, Codon code aligner, tree-seq, DNASP, kullanımı
11. Hafta - Teorik
DNA barkod genlerin analizi için biyoinformatik araçların kullanılması I
11. Hafta - Laboratuvar
NCBI, Blast, Sequencher, BioEdit, FinchTV, Chromas, Codon code aligner, tree-seq, DNASP, kullanımı
12. Hafta - Teorik
DNA barkod genlerin analizi için biyoinformatik araçların kullanılması I
12. Hafta - Laboratuvar
Implementing NCBI, Blast, Sequencher, BioEdit, FinchTV, Chromas, Codon Code Aligner, tree-seq and DNASP.
13. Hafta - Teorik
DNA barkod genlerinin filogenetik analizde kullanımı
13. Hafta - Laboratuvar
Filogenetik analiz metotları
14. Hafta - Teorik
DNA barkod genlerinin NCBI’na yüklenmesi
14. Hafta - Laboratuvar
Ekson gen bölgelerinin protein dizilerine dönüşümü ve analizi
31. Hafta - Ön Hazırlık
Değerlendirme
Değerlendirme TürüAdetYüzde
Ara Sınav (Vize)1%30
Başarı Notu1%70
İş Yükü Hesaplaması
EtkinlikSayısıÖn HazırlıkSüreToplam Iş Yükü (Saat)
Kuramsal Ders145298
Laboratuvar144284
Ara Sınav1516
Dönem Sonu Sınavı1516
TOPLAM İŞ YÜKÜ (Saat)194
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
PÇ-1
PÇ-2
PÇ-3
PÇ-4
PÇ-5
OÇ-1
4
4
4
4
4
OÇ-2
4
5
5
5
5
OÇ-3
5
5
5
5
5
OÇ-4
4
4
4
4
5
OÇ-5
4
4
4
4
5
Adnan Menderes Üniversitesi - Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
2026