Bu dersin amacı, doktora öğrencilerine moleküler filogenetiğin kuramsal temellerini, hesaplamalı analiz yöntemlerini ve hayvan bilimlerindeki ileri düzey uygulamalarını kazandırmaktır. Ders kapsamında DNA dizisi verilerine dayalı filogenetik analizlerin temel prensipleri, moleküler evrim modelleri, filogenetik ağaç oluşturma yöntemleri, moleküler saat yaklaşımları, popülasyonlar arası genetik ilişkilerin belirlenmesi ve biyoinformatik araçlarının kullanımı ayrıntılı olarak ele alınacaktır. Ayrıca öğrencilerin moleküler filogenetik yöntemlerini hayvan genetik kaynaklarının karakterizasyonu, biyolojik çeşitliliğin değerlendirilmesi, evcilleştirme süreçlerinin incelenmesi, ırklar arası genetik ilişkilerin ortaya konulması, genomik verilerin evrimsel yorumlanması ve sürdürülebilir hayvan ıslahı programlarının desteklenmesine yönelik araştırmalarda etkin biçimde kullanabilmeleri amaçlanmaktadır. Ders sonunda öğrencilerin filogenetik analizleri bilimsel açıdan eleştirel olarak değerlendirebilmeleri, uygun analiz stratejilerini geliştirebilmeleri ve güncel moleküler filogenetik yaklaşımlarını özgün araştırmalara entegre edebilmeleri hedeflenmektedir.

1- Moleküler filogenetiğin temel kavramları, evrimsel biyolojideki yeri ve hayvan bilimlerindeki uygulamaları. 2- Moleküler belirteçler ve DNA dizisi verileri: mitokondriyal DNA, nükleer DNA ve genomik belirteçler. 3- DNA dizilerinin düzenlenmesi (sequence alignment), veri kalitesi kontrolü ve filogenetik analizlere hazırlık. 4- Moleküler evrim modelleri, nükleotid substitüsyon modelleri ve model seçimi yöntemleri. 5- Filogenetik ağaç oluşturma yöntemleri: UPGMA, Neighbor-Joining, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood ve Bayesian yaklaşımlar. 6- Filogenetik ağaçların güvenilirliğinin değerlendirilmesi: bootstrap analizleri, posterior olasılıklar ve ağaç topolojilerinin karşılaştırılması. 7- Moleküler saat yaklaşımları, evrimsel zaman tahminleri ve popülasyonların demografik geçmişinin incelenmesi. 8- Hayvan genetik kaynaklarının karakterizasyonunda, biyolojik çeşitliliğin değerlendirilmesinde ve evcilleştirme süreçlerinin araştırılmasında moleküler filogenetik uygulamaları. 9- Filogenomik, genom çapında filogenetik analizler ve biyoinformatik yazılımlarının (MEGA, BEAST, MrBayes, IQ-TREE, RAxML vb.) kullanımı. 10- Moleküler filogenetik çalışmalarında güncel araştırmalar, bilimsel makale değerlendirmeleri ve ileri düzey uygulamalar.