Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
Protein İzolasyonu ve Tanımlama Teknikleri
Ders Kodu: BYK606
Ders Türü: Zorunlu
Ders Grubu: Doktora
Eğitim Dili: Türkçe
Staj Durumu: Yok
Teori: 2
Uyg.: 2
Kredi: 3
Laboratuvar: 0
AKTS: 5
Amaç

Protein saflaştırılması alanındaki yeni gelişmelerin temel tekniklerin ışığı altında verilmesi amaçlandı.

Özet İçerik

Proteinlerin yapısal özellikleri ve incelenmesi, amino asitler-kimyasal özellikleri, proteinlerin birincil yapısı: amino asid dizilimi, n-terminal ve c-terminal uçlar, amino asid dizilimi / gen ilişkisi, proteinlerde üst yapı düzeyleri – ikincil - üçüncül ve dördüncül yapı – yapı - fonksiyon ilişkileri, proteinler ve biyomembranlar: membran proteinleri, oksijen bağlayıcı proteinler: miyoglobin ve hemoglobin, protein konsantrasyonu ölçüm yöntemleri I, Bradford yöntemi, protein konsantrasyonu ölçüm yöntemleri II, Lowry yöntemi, BCA yöntemi, Biüret Yöntemi, analitik yöntemler, TCA presipitasyonu, aseton presipitasyonu, immünopresipitasyon, protein çözeltilerinin konsantre edilmesi, preparatif yöntemler, amonyum sülfat presipitasyonu, organik solvent ile presipitasyon, polietilen glikol ile presipitasyon, ultrafiltrasyon, dializ, liyofilizasyon.

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Öğrenme Çıktıları
1.Hedef protein saflaştırılması ile ilgili literatür tarama ve yorumlayabilme
2.Araştırma sonuçlarını değerlendirme, karşılaştırma ve yorumlayabilme
3.Kullanım amacına yönelik protein saflaştırma stratejileri tasarlayabilme ve geliştirebilme
4.Proteinlerin genel özellikleri ile hedef protein özellikleri arasında ilişki kurabilme
5.Kromatografik ve elektroforetik teknikleri ayırma ve protein dizi analizlerinde kullanılmasını kavrayabilme
6.Kullanılan yöntemlerin avantajlarını/dezavantajlarını irdeleyebilme ve karşılaştırabilme
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Protein Saflaşatırma protokolleri : Paul Cutler
2.Protein Analizi ve Saflaştırma: benchtop teknikleri
3.Protein Saflaştırılması: Prensip ve Uygulamaları
4.Protein Saflaştırma Metodları: Pratik bir yaklaşım
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
1. Hafta - Teorik
Protein Saflaştırılmasının amacı ve ön planlama: Hedef proteinin kaynağı ve lokalizasyonu, miktarı, fizikokimyasal ve fiziksel özellikleri
2. Hafta - Teorik
Protein Saflaştırılmasının amacı ve ön planlama: saflaştırma amacı, protein saflaştırılmasının izlenmesi
3. Hafta - Teorik
Protein saflaştırma stratejisi , Ön Ayırma teknikleri; 1. Hücre parçalama/ Homojenizasyon: Mekanik olmayan Teknikler: ısı ile parçalama, Freze-Thaw, Desikasyon, Osmotik şok, Litik enzimler, Alkali, Deterjanlar vb.
3. Hafta - Uygulama
Hücre parçalama/ Homojenizasyon
4. Hafta - Teorik
Ön Ayırma teknikleri;(Devam) Mekanik yöntemler: Blenderlar, homajenizatörler, öğütücüler, Aşındırıcılar ile agitasyon, Sıvı ve Katı Ekstrüsyon, Ultrasonikasyon
4. Hafta - Uygulama
Blenderlar, homajenizatörler, öğütücüler, Aşındırıcılar ile agitasyon, Sıvı ve Katı Ekstrüsyon, Ultrasonikasyon
5. Hafta - Teorik
2. Berraklaştırma; Santrifüj; Diferansiyal Santrifüj, Yoğunluk Gradient Santrifüj, Membran Filtrasyon teknikleri
5. Hafta - Uygulama
2. Berraklaştırma; Santrifüj; Diferansiyal Santrifüj
6. Hafta - Teorik
3. Ekstraktın deriştirilmesi: Ultrafiltrasyon, Liyofilizasyon
7. Hafta - Teorik
3. Ekstraktın deriştirilmesi: Çöktürme Yöntemleri( izoelektrik çöktürme, iyonik şiddeti değiştirerek çöktürme, organik çözgenler, Organik polimerler ve Denatürasyon ile çöktürme)
8. Hafta - Ara Sınav (Vize)
Protein İzolasyonu ve Tanımlama Teknikleri Ara Sınavı
9. Hafta - Teorik
Kromatografik Yöntemler; Kromatografiye giriş ve sıvı kromatografisinde temel kavramlar, İyon değişim kromatografisi
10. Hafta - Teorik
Kromatografik Yöntemler; Hidrofobik Etkileşim Kromatografisi, Jel Filtrasyon Kromatografisi
11. Hafta - Teorik
Kromatografik Yöntemler; Affinite kromatografisi: Biyospesifik, İmmunoafinite, Lektin afinite, Boya-ligant, Metal-Şelat, Kovalent afinite kromatografisi
12. Hafta - Teorik
Elektroforetik Yöntemler; Elektroforezin prensipleri, protein elektroforezi; PAGE, SDS-PAGE, IEF, 2D-PAGE. Blotlama, Immunustain, Görüntüleme ve değerlendirme
12. Hafta - Uygulama
Protein elektroforezi; PAGE, SDS-PAGE, IEF, 2D-PAGE. Blotlama, Immunustain, Görüntüleme ve değerlendirme
13. Hafta - Teorik
Karakterizasyon: Fonksiyonel Karakteristik; Proteinin biyolojik aktivitesine göre seçilecek teknikler
14. Hafta - Teorik
Saflık kontrolü, Molekül kütle tayini ve IP tayini Amino asit analizi, N-, C- terminal analiz, vb.
15. Hafta - Teorik
Entegrasyon ve karşılaştırma, proteomik teknolojiler ve multidimensional teknikler
16. Hafta - Dönem Sonu Sınavı (Final)
Protein İzolasyonu ve Tanımlama Teknikleri Dönem Sonu Sınavı
Değerlendirme
Değerlendirme TürüAdetYüzde
Ara Sınav (Vize)1%40
Dönem Sonu Sınavı (Final)1%60
İş Yükü Hesaplaması
EtkinlikSayısıÖn HazırlıkSüreToplam Iş Yükü (Saat)
Kuramsal Ders140121
Uygulamalı Ders140121
Laboratuvar63972
Ara Sınav1415
Dönem Sonu Sınavı1516
TOPLAM İŞ YÜKÜ (Saat)125
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
PÇ-1
PÇ-2
PÇ-3
PÇ-4
PÇ-5
OÇ-1
5
5
4
5
5
OÇ-2
5
4
5
4
5
OÇ-3
5
5
5
4
5
OÇ-4
5
4
5
5
4
OÇ-5
5
4
5
5
4
OÇ-6
5
4
5
5
4
Adnan Menderes Üniversitesi - Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
2026