Bilgi Paketi / Ders Kataloğu - Adnan Menderes Üniversitesi

Genel Bilgiler Birimin Kadrosu Akademik Bilgiler Program Çıktıları Öğretim Planı İletişim Bilgileri

Bilgi Paketi İçerik Sorumlusu

Proteomiks ve Metabolomiks: Genel Bakış ve Tıptaki Önemi

Ders Kodu	: BYK630
Ders Türü	: Zorunlu
Ders Grubu	: Doktora
Eğitim Dili	: Türkçe
Staj Durumu	: Yok

Teori	: 3
Uyg.	: 0
Kredi	: 3
Laboratuvar	: 0
AKTS	: 3

Amaç

Bu dersin amacı, öğrencilerin Proteomik’in temel kavramlarını öğrenmesini, proteinlerle ilgili analitik düşünceye sahip olabilmesini, proteomun bir hücre veya organizma tarafından belli koşullar altında üretilen proteinler olduğunu, bu moleküllerin birbirleri ile nasıl ilişkilendiğini ve nasıl bir biyolojik sistemi oluşturduğunu ve proteomik uygulamalarının diğer bilim dallarındaki kullanımını öğretmektir

Özet İçerik

Transkripsiyonel regülasyon, genetik ve protein interaksiyonları. Saf ve kompleks biyolojik materyallerden örnek hazırlanması. Protein ekspresyonu ve saflaştırılması. Sıvı kromatografik yöntemler ve kütle spektrometrisi, 2D elektroforez

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Öğrenme Çıktıları

1.	Proteomun bir hücre veya organizma tarafından belli koşullar altında üretilen proteinler olduğunu öğrenebilmesi
2.	Proteinlerin birbirleri ile nasıl ilişkilendiğini ve nasıl bir biyolojik sistemi oluşturduğunu anlayabilmesi
3.	Proteomu, dizi, yapı, bolluk, yerleşim, düzenlenme, etkileşimler ve biyokimyasal fonksiyonlar olarak tanımlayabilmesi
4.	Protein ayrımının, tanımlanmasının ve tayin prensiplerinin öğrenilmesi
5.	Proteomik veritabanı hakkında temel bilgilerin öğrenilmesi

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

1.	Biyobelirteç keşiflere Proteomiks ve metabolomik yaklaşımlar :Haleem J Issaq
2.	Metabolomiks ve metabonomik el kitabı:ohn C. Lindon,Jeremy K. Nicholson,Elaine Holmes
3.	Proteomiklere giriş:Daniel C. Lieble

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

1. Hafta - Teorik

Genomikten Proteomiğe Geçiş: DNA ve RNA seviyesinde işlevsel genomik; Proteomik’in faaliyet alanı; Proteomik’in zorlukları

2. Hafta - Teorik

Proteinlerin Genel Özellikleri: Proteinlerin yapısı ve işlevi

3. Hafta - Teorik

Proteom analizlerinde kullanılan ayırım teknikleri (I): Iki boyutlu jel elektroforezinin prensipleri; Proteomikte iki boyutlu jel elektroforezinin kullanımı

4. Hafta - Teorik

Proteom analizlerinde kullanılan ayırım teknikleri (II): Sıvı kromatografisinin proteomikteki prensipleri; Çok boyutlu sıvı kromatografisi

5. Hafta - Teorik

Proteinlerin tanımlanmasında kullanılan teknikler (I): Antibadilerle protein tanımlanması; Protein dizilerinin kimyasal bozunma ile belirlenmesi

6. Hafta - Teorik

Proteinlerin tanımlanmasında kullanılan teknikler (II): Proteomikte kütle spektrometrisinin kullanımı; kütle spektrometrisi bilgileri kullanılarak protein tanımlanması

7. Hafta - Teorik

Protein tayininde kullanılan teknikler: Standart iki boyutlu jel ile kantitatif proteomik; kütle spektrometrisi ile kantitatif proteomik

8. Hafta - Ara Sınav (Vize)

Proteomiks ve Metabolomiks: Genel Bakış ve Tıptaki Önemi Ara Sınav

9. Hafta - Teorik

Proteomik ve protein dizilerinin analizi: Protein aileleri ve evrimsel ilişkiler; Protein dizisi karşılaştırmanın temel ilkeleri

10. Hafta - Teorik

Yapısal proteom analizleri: Protein yapılarının proteomikteki önemi; Protein yapılarının anlaşılmasını sağlayan teknikler; Protein yapılarının karşılaştırılması

11. Hafta - Teorik

Protein-protein etkileşimleri ve proteomik: Protein etkileşim analizlerinin prensipleri; Protein etkileşim haritaları; Proteinler ve küçük moleküller

12. Hafta - Teorik

Proteom analizlerinde protein modifikasyonlarının yeri: Fosfoproteomik, protein fosforilasyonuna genel bir bakış; Glycoproteomics, hücrede glikoproteinlerin rolü

13. Hafta - Teorik

Protein çipleri ve fonksiyonel proteom analizleri: Protein çiplerinin farklı tipleri; Protein çip teknolojisinin ortaya çıkışı

14. Hafta - Teorik

Proteomik Uygulamaları (I): Tıbbi proteomik, hastalık teşhisi; Farmasötik proteomik, ilaç geliştirme

15. Hafta - Teorik

Proteomik Uygulamaları (II): Proteomik ve bitki biyoteknolojisi; Genetiği değiştirilmiş bitkilerin analizi için proteomik

16. Hafta - Dönem Sonu Sınavı (Final)

Proteomiks ve Metabolomiks: Genel Bakış ve Tıptaki Önemi Dönem Sonu Sınavı

Değerlendirme

Değerlendirme Türü	Adet	Yüzde
Ara Sınav (Vize)	1	%40
Dönem Sonu Sınavı (Final)	1	%60

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlik	Sayısı	Ön Hazırlık	Süre	Toplam Iş Yükü (Saat)
Kuramsal Ders	14	1	2	42
Ara Sınav	1	14	2	16
Dönem Sonu Sınavı	1	15	2	17
TOPLAM İŞ YÜKÜ (Saat)				75

Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

	PÇ-1	PÇ-2	PÇ-3	PÇ-4	PÇ-5
OÇ-1	5	4	5	4	5
OÇ-2	5	5	4	5	5
OÇ-3	5	4	5	4	5
OÇ-4	5	5	4	5	5
OÇ-5	5	4	4	5	5

Bilgi Paketi İçerik Sorumlusu