Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
Proteomiks ve Genomiks Veri Tabanları
Ders Kodu: MBTK632
Ders Türü: Bölüm Seçmeli
Ders Grubu: Doktora
Eğitim Dili: İngilizce
Staj Durumu: Yok
Teori: 2
Uyg.: 2
Kredi: 3
Laboratuvar: 0
AKTS: 7
Amaç

Proteomik ve genomik veri tabanları hakkında temel bilgiler verilecektir. DNA dizi analizi ve mikrosatellit genotip analiz yöntemleri kullanılarak örnek veri dosyaları üzerinden analizler/uygulamalar gerçekleştirilecektir. Ayrıca, bu analizler sonucunda elde edilen bilgiler ekolojik prensipler göz önünde bulundurularak yorumlanacaktır

Özet İçerik

Moleküler Ekoloji hakkında temel bilgiler, Koruma genetiği, Moleküler Ekolojide kullanılan belirteçler, Moleküler Ekolojide kullanılan temel metotlar, Genetik çeşitlilik, Gen akışı, Mikrosatellit, mitokondriyal DNA, tek baz polimorfizmleri, DNA dizi analizi, Fragment analizi, mikrosatellit verilerinin kullanımı ve analizi, mikrosatellit analizlerinin yorumlanması

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Özge ÇEVİK
Öğrenme Çıktıları
1.Moleküler ekoloji alanında temel bilgileri öğrenir
2.Moleküler ekolojide kullanılan moleküler yöntemleri öğrenir.
3.Türe özgü mikrosatellit lokuslarının elde edilme yöntemlerini bilir
4.DNA dizi analizi ve mikrosatellit analizi için gerekli verilerin elde edilme yollarını öğrenir
5.Analizlerin gerçekleştirilmesi için veri dosyalarının oluşturulma şekillerini bilir.
6.Mikrosatellit verilerinin analizini gerçekleştirilen bilgisayar programlarının özelliklerini ve işleyişini öğrenir
7.Mikrosatellit veri analizi sonuçları hakkında yorum yapabilir
8.Filogenetik ve ekolojik verileri bir araya getirerek bunları yorumlamayı öğrenir
9.Çeşitli organizmaların moleküler ekolojileri üzerine yeni çalışmalar planlar
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Lowe, A., Harris, S. and Ashton, P. Ecological Genetics: Design, Analysis, and Application. Blackwell publishing Ltd, 2004
2.Richard Frankham, Jonathan D. Ballou, David A. Briscoe. Introduction to Conservation Genetics, Cambridge University Press, 7th edition, 2007
3.Matthew B. Hamilton. Population Genetics, Wiley-Blackwell, UK. ISBN 978-1405-132-770, 2009
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
1. Hafta - Teorik
Genomik ve proteomik
2. Hafta - Teorik
Moleküler Ekolojide Belirteçler ve Örnekleme
3. Hafta - Uygulama
Hardy Weinberg Kuralları ve Uygulamaları
4. Hafta - Teorik
Rekombinasyon, Bağlantı dengesi ve Eşitsizlik
5. Hafta - Teorik
Doğal seleksiyon I: Temel Modeller
6. Hafta - Teorik
Koruma genetiği
7. Hafta - Teorik
Genetik çeşitlilik ve farklılaşma-I
8. Hafta - Teorik
Genetik çeşitlilik ve farklılaşma-II (Ara Sınav)
9. Hafta - Uygulama
Fragment analizi
10. Hafta - Uygulama
Populasyon Genetiği Paket Programları Uygulamaları
11. Hafta - Uygulama
Doğal Seçilim II: Dengeli Seçilim ve İleri Modeller
12. Hafta - Uygulama
Kantitatif Genetik
13. Hafta - Uygulama
Proteomik veri eldesi ve değerlendirilmesi
14. Hafta - Uygulama
Mikrosatellit ve mitokondriyal DNA verilerinin kullanımı ve analizi
Değerlendirme
Değerlendirme TürüAdetYüzde
Ara Sınav (Vize)1%30
Dönem Sonu Sınavı (Final)1%70
İş Yükü Hesaplaması
EtkinlikSayısıÖn HazırlıkSüreToplam Iş Yükü (Saat)
Kuramsal Ders140228
Uygulamalı Ders140228
Ödev301236
Dönem Ödevi30618
Bireysel Çalışma130339
Kısa Sınav60318
Ara Sınav1033
Dönem Sonu Sınavı1033
TOPLAM İŞ YÜKÜ (Saat)173
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
PÇ-1
PÇ-2
PÇ-3
PÇ-4
PÇ-5
PÇ-6
PÇ-7
PÇ-8
PÇ-9
PÇ-10
PÇ-11
PÇ-12
PÇ-13
OÇ-1
5
5
3
5
5
3
4
4
4
4
3
3
5
OÇ-2
5
5
3
5
5
3
4
4
4
4
3
3
5
OÇ-3
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-4
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-5
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-6
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-7
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-8
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-9
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
Adnan Menderes Üniversitesi - Bilgi Paketi / Ders Kataloğu