Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
Genetik Markerlar
Ders Kodu: MBTK641
Ders Türü: Bölüm Seçmeli
Ders Grubu: Doktora
Eğitim Dili: İngilizce
Staj Durumu: Yok
Teori: 2
Uyg.: 2
Kredi: 3
Laboratuvar: 0
AKTS: 10
Amaç

Popülasyon genetiğinin temel modellerini öğrencilere tanıtmak, popülasyon genetiği için kullanılan bilgisayar programları hakkında bilgi vermek ve öğrencilerin oluşturulacak veri setlerini kullanarak popülasyon genetiği modelleriyle bilgisayar programlarını entegre ederek analiz yapmasını ve sonuçları yorumlamasını sağlamak

Özet İçerik

Hardy Weinberg Kuralları ve Uygulamaları, Fiksasyon Indeksi ve Heterozigotluk, Genetik Göçler ve Etkin Popülasyon Büyüklüğü, Mutasyonlar, Doğal Seçilim ve Modelleri, Kantitatif Özellik Varyasyonları ve Evrim, Kantitatif Özellik Varyasyonlarının Mendel Temelleri , Popülasyon Genetiği Uygulamaları: Bioedit, Microchecker, DNAsp, Arlequin, Migrate, Genepop, Popgene, Structure programlarının kullanımı

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Seda ÖRENAY BOYACIOĞLU
Öğrenme Çıktıları
1.Popülasyon içi ve arasındaki genetik değişimlere neden olan mutasyon, seçilim ve göç gibi genetik faktörleri öğrenmek
2.Hardy-Weinberg eşitsizliği, heterozigotluk kavramlarını öğrenmek
3.Popülasyon yapısını öğrenmek
4.Popülasyonlar arası gen akışını ve gen fiksasyonunu öğrenmek
5.Popülasyon genetiği programlarını kullanmayı öğremek
6.Bilgisayar programlarını kullanarak örnek veri paketi üzerinden çalıştığı popülasyonun demografisini, etkileşimde olduğu canlılar ile çevre ve dış etmenlerin popülasyona etkisini tespit ederek/hesaplayarak popülasyon hakkında yorumlar yapmak
7.Çalıştığı organizma veya başka organizmalar üzerine ileride yapabileceği çalışmaları planlamak
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Richard Frankham, Jonathan D. Ballou, David A. Briscoe. Introduction to Conservation Genetics, Cambridge University Press, 7th edition, 2007
2.Jon C. Herron, Scott Freeman. Evrimsel analiz, Palme Yayıncılık, 2009
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
1. Hafta - Teorik
Biyoinformatik ve kullanım alanları: Kimler kullanabilir, nasıl ve ne amaçla kullanılabilir
2. Hafta - Teorik
Biyolojik veritabanlarının incelenmesi
3. Hafta - Uygulama
Temel metodlar 1: Polimeraz Zincir reaksiyonu, RAPD
4. Hafta - Uygulama
Temel metodlar II: Allozim, RFLP ve AFLP
5. Hafta - Uygulama
Temel Metodlar III: Mikrosatellitler, mtDNA, SNP ve DNA dizi analizi
6. Hafta - Teorik
DNA/protein veri bankaları ve kullanım stratejileri
7. Hafta - Uygulama
DNA/protein veri bankaları ve kullanım stratejileri
8. Hafta - Teorik
Çoklu dizi analizi-karşılaştırması-I (Ara Sınav)
9. Hafta - Teorik
Çoklu dizi analizi-karşılaştırması-II
10. Hafta - Teorik
Moleküler Filogeni
11. Hafta - Uygulama
Filogenetik ağaç kurulumu
12. Hafta - Uygulama
Populasyon genetiği
13. Hafta - Uygulama
RNA için biyoinformatik yöntemler
14. Hafta - Uygulama
Mikroarray veri analizi
Değerlendirme
Değerlendirme TürüAdetYüzde
Ara Sınav (Vize)1%30
Dönem Sonu Sınavı (Final)1%70
İş Yükü Hesaplaması
EtkinlikSayısıÖn HazırlıkSüreToplam Iş Yükü (Saat)
Kuramsal Ders140228
Uygulamalı Ders140228
Ödev601378
Dönem Ödevi30618
Laboratuvar50210
Bireysel Çalışma130565
Kısa Sınav60318
Ara Sınav1033
Dönem Sonu Sınavı1033
TOPLAM İŞ YÜKÜ (Saat)251
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
PÇ-1
PÇ-2
PÇ-3
PÇ-4
PÇ-5
PÇ-6
PÇ-7
PÇ-8
PÇ-9
PÇ-10
PÇ-11
PÇ-12
PÇ-13
OÇ-1
5
5
3
5
5
3
4
4
4
4
3
3
5
OÇ-2
5
5
3
5
5
3
4
4
4
4
3
3
5
OÇ-3
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-4
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-5
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-6
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-7
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
Adnan Menderes Üniversitesi - Bilgi Paketi / Ders Kataloğu