Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
Rekombinant Teknolojide Biyoenformatik Programlar ve Uygulamaları
Ders Kodu: MBTK643
Ders Türü: Bölüm Seçmeli
Ders Grubu: Doktora
Eğitim Dili: İngilizce
Staj Durumu: Yok
Teori: 3
Uyg.: 0
Kredi: 3
Laboratuvar: 0
AKTS: 10
Amaç

Bu dersin amacı kompleks biyolojik sistemlerin analizi, nükleik asit ve protein dizi analizlerinin temellerini biyoinformatik araçlar kullanılarak uygulamalı olarak öğrencilerin öğrenmesini sağlamaktır

Özet İçerik

Genomiks, GenBank Dizi Data bankası, Dizi Birleştirme, Gen Tahmini konuları ve ilgili Programlar (NCBI's Entrez, BLAST, PSI-BLAST, ClustalW, Pfam, BIOEDIT, GENEMARKER, SEQUIN, CAP3, ORF FINDER, GENSCAN, MICROSATELLITE REPEATS FINDER)

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Gamze BAŞBÜLBÜL
Öğrenme Çıktıları
1.Bu dersin sonunda öğrenciler, Sayısal Biyoloji ve Biyoinformatik hakkında temel kavramları öğrenir
2.Öğrenciler sekans analiz yöntemlerini belirleyebilecektir
3.Öğrenciler sekans analizinin farklı uygulama alanlarına uygulayabileceklerdir
4.Öğrenciler en yaygın kullanılan biyoinformatik programlarının kullanım alanları ve detayları hakkında bilgi sahibi olur
5.Öğrenciler en önemli biyoinformatik programlarının kullanım tecrübesi edinir
6.Öğrenciler sekans analiz sonuçlarını yorumlayabilirler
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Bioinformatics, A practical Guide to the Analysis of Genes and proteins, A.D. Baxevanis ve B.F.F. Ouellette, 1998, ISBN0-471-19196-5
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
1. Hafta - Teorik
Biyoinformatiğe giriş
2. Hafta - Teorik
GenBank ve BLAST Sözlü anlatım
3. Hafta - Teorik
BLAST Uygulama
4. Hafta - Teorik
iki veya daha fazla DNA/protein dizisinin karşılaştırılması/birleştirilmesi: alingment/CAP
5. Hafta - Teorik
İki veya daha fazla DNA/protein dizisinin karşılaştırılması/birleştirilmesi: alignment/CAP
6. Hafta - Teorik
Primer dizaynı
7. Hafta - Teorik
GenBank veri tabanına veri girişi-I
8. Hafta - Teorik
GenBank veri tabanına veri girişi-II (Ara Sınav)
9. Hafta - Teorik
Filogenetik ağaç kurulumu
10. Hafta - Teorik
Mikrosatellit lokus uzunluklarının belirlenmesi
11. Hafta - Teorik
Mikrosatellit veri girişi
12. Hafta - Teorik
Populasyon genetiği uygulamaları (Microchecker, DNAsp, Popgene, Genepop)
13. Hafta - Teorik
Populasyon genetiği uygulamaları (Arlequin, Populations, Phylip)
14. Hafta - Teorik
Populasyon genetiği uygulamaları (Bottleneck, Migrate, Structure)
Değerlendirme
Değerlendirme TürüAdetYüzde
Ara Sınav (Vize)1%30
Dönem Sonu Sınavı (Final)1%70
İş Yükü Hesaplaması
EtkinlikSayısıÖn HazırlıkSüreToplam Iş Yükü (Saat)
Kuramsal Ders140342
Ödev501575
Dönem Ödevi30618
Laboratuvar50420
Bireysel Çalışma130565
Kısa Sınav60318
Ara Sınav1033
Dönem Sonu Sınavı1033
TOPLAM İŞ YÜKÜ (Saat)244
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
PÇ-1
PÇ-2
PÇ-3
PÇ-4
PÇ-5
PÇ-6
PÇ-7
PÇ-8
PÇ-9
PÇ-10
PÇ-11
PÇ-12
PÇ-13
OÇ-1
5
5
3
5
5
3
4
4
4
4
3
3
5
OÇ-2
5
5
3
5
5
3
4
4
4
4
3
3
5
OÇ-3
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-4
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-5
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
OÇ-6
5
5
3
4
4
3
5
5
5
5
3
3
5
Adnan Menderes Üniversitesi - Bilgi Paketi / Ders Kataloğu