Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
Biyoinformatiğe Giriş
Ders Kodu: CSE451
Ders Türü: Seçmeli
Ders Grubu: Lisans
Eğitim Dili: İngilizce
Staj Durumu: Yok
Teori: 2
Uyg.: 2
Kredi: 3
Laboratuvar: 0
AKTS: 6
Amaç

Bu derste temel olarak biyoinformatiğin bilgisayar mühendisliği bakış açısıyla anlamlandırılması ve analizlerin gerçekleştirilmesi için gerekli olan perspektifin kazandırılması amaçlanmaktadır.

Özet İçerik

Bu ders kapsamında biyoinformatiğin temelleri olan biyolojik verilerin elde edilmesi teorik olarak anlaşılacaktır; elde edilen veriler biyoinformatik bakış açısıyla istatistiki yöntemler, makine öğrenmesi algoritmaları ve yapay zeka metotları kullanılarak analiz edilip anlamlandırılacaktır.

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Öğrenme Çıktıları
1.Biyoinformatiğin temellerini anlamak
2.Bilgisayar mühendisliği bakış açısıyla biyolojik sistemlerin anlamlandırılması
3.Biyolojik büyük verilerin analizinin öğrenilmesi
4.Genomik sinyal veri setlerinin yapay zeka ve makine öğrenmesi algoritmaları ile analizi
5.Çok modlu veri analizi uygulamalarının öğrenilmesi
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Gautam B. Singh, “Fundamentals of Bioinformatics and Computational Biology, 2nd Ed.”; Springer Cham, 2014, ISBN: 978-3-031-75696-2
2.David A. Hendrix, “Applied Bioinformatics”, Hendrix Lab - Oregon State University
3.Supratim Choudhuri, “Bioinformatics for Beginners”; Elsevier Inc., 2014, ISBN: 978-0-12-410471-6
4.Khalid Raza, “Machine Learning in Single-Cell RNA-seq Data Analysis”; Springer, 2024, ISBN: 978-9819767021
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
1. Hafta - Ön Hazırlık
Biyoinformatiğe Giriş
2. Hafta - Ön Hazırlık
Biyoinformatiğe Giriş (devam)
3. Hafta - Ön Hazırlık
Dizi Hizalama ve Filogenetik Temelleri
4. Hafta - Ön Hazırlık
NGS Teknolojileri
5. Hafta - Ön Hazırlık
Transkriptomik ve RNA-Seq Veri İşleme I
6. Hafta - Ön Hazırlık
RNA-Seq Veri İşleme II
7. Hafta - Ara Sınav (Vize)
Vize
8. Hafta - Ara Sınav (Vize)
Vize
9. Hafta - Ön Hazırlık
Diferansiyel Gen Ekspresyon Analizi
10. Hafta - Ön Hazırlık
Fonksiyonel Zenginleştirme Analizi
11. Hafta - Ön Hazırlık
Single-Cell RNA-Seq’e Giriş
12. Hafta - Ön Hazırlık
Single-Cell Veri Analizi
13. Hafta - Ön Hazırlık
İleri Transkriptomik Yaklaşımlar I
14. Hafta - Ön Hazırlık
İleri Transkriptomik Yaklaşımlar II
15. Hafta - Ön Hazırlık
Proteomik, Epigenomik ve Multi-Omics
16. Hafta - Dönem Sonu Sınavı (Final)
Final
Değerlendirme
Değerlendirme TürüAdetYüzde
Derse Katılım (Performans)6%5
Ödev1%10
Ara Sınav (Vize)1%25
Dönem Sonu Sınavı (Final)1%60
İş Yükü Hesaplaması
EtkinlikSayısıÖn HazırlıkSüreToplam Iş Yükü (Saat)
Kuramsal Ders142370
Uygulamalı Ders53225
Ödev1055
Seminer61218
Ara Sınav112113
Dönem Sonu Sınavı115116
TOPLAM İŞ YÜKÜ (Saat)147
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
PÇ-1
PÇ-2
PÇ-3
PÇ-4
PÇ-5
PÇ-6
PÇ-7
PÇ-8
PÇ-9
PÇ-10
PÇ-11
OÇ-1
3
1
5
OÇ-2
4
3
4
3
5
OÇ-3
2
4
2
3
OÇ-4
3
2
4
OÇ-5
3
1
5
Adnan Menderes Üniversitesi - Bilgi Paketi / Ders Kataloğu
2026